Nach langem googlen und den verrücktesten Suchbegriffen habe ich endlich das richtige gefunden.
Die Lösung meines Problemes ist das Program netdom.exe, allerdings nur bis Version 1.8.
Wird von Microsoft zur Verfügung gestellt und ist z.B. in den Supporttools für XP und WIN2000 enthalten. Allerdings in einer zu aktuellen Version.
Daher hier der Link zur richtigen Version:
ftp://ftp.microsoft.com/reskit/nt4/x86/
Mit der Befehlszeile:
netdom.exe member \\
computername /joinworkgroup
arbeitsgruppe
(computername und arbeitsgruppe durch die entsprechenden Werte ersetzen!!!)
kann dann die Arbeitsgruppe geändert werden.
Original-Lösung findet sich hier:
http://www.mcseboard.de/archiv/28/2004/08/4/41767