So, das Problem ist gelöst
Wir machten ein Ticket bei Microsoft auf (resp. liessen aufmachen), welche uns nach relativ kurzer Zeit eine Lösung mitteilten. Die Lösung ist hier:
You may experience network-related problems after you install Windows Server 2003 SP2 or the Scalable Networking Pack
Scheinbar ein Problem mit NDIS 5.2 (Network Device Interface Specifications) resp. dem Receive-Side-Scaling (verteilen der Netzwerklast auf verschiedene Cores resp. Prozessoren der CPU). Am Datum des KB-Eintrages an, scheinbar ein Problem, dass sich nach und nach zeigte.
Wir haben den Patch nun auf allen Servern mit SP2 installiert, läuft wieder alles zu unserer Zufriedenheit.