Die sogenannten "typedURL"s werden in der Registry gespeichert. Die stehen im Schlüssel "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\TypedURLs". Zum Löschen muss man einfach alle Einträge mit Namen "url1" bis "urlxxx" löschen.
Infos dazu hier:
How to clear the History entries in Internet Explorer
Es gibt spezielle Tools, mit denen man diese "TypedURL"s sogar verwalten kann. Eines, das ich gerade gefunden habe, gibt es hier:
Main Window